A história começa com um homem chamado Joe Higan vivendo uma vida tranquila e normal na zona rural dos Estados Unidos, ao lado de sua bela esposa e seu filho pequeno. Tudo parecia bem, até que o seu passado sombrio retorna e, junto com ele, temos mortes sangrentas.
Joe é, na verdade, um ninja que renegou o seu clã e, agora, seu clã o persegue por vingança, já que ele fugiu e traiu o seu código como um ninja. Assim, sua família acaba brutalmente assassinada e ele fica traumatizado, buscando vingança.
Joe Higan é conhecido pelo nome falso Joe Logan e é o protagonista dessa história. Ele é um ex-ninja que está em busca de vingança por sua família.
Ele é considerado um dos maiores ninjas da história e dominou muitos estilos de artes marciais. Além de suas habilidades físicas, Higan é extremamente mortal com uma lâmina, e consegue usar uma Arte Ninja.
Ele é um agente do FBI investigando as mortes da família de Joe e dos parceiros de Samanda. Em dado momento, passa a interagir e até mesmo ajudar um pouco Joe Higan, mas não parece ser do tipo que abandona seu dever.
Ela também é uma agente do FBI que investiga as mortes da família de Joe e de seus parceiros. Mais tarde, é revelado que ela é Aska, um membro importante da organização que salvou a vida de Higan.
Essa organização secreta é muito misteriosa, a responsável pela morte da família de Higan. Já sabemos que um de seus principais objetivos é enviar assassinos atrás de todos os ninjas exilados e renegados, para impedir a propagação de suas artes secretas.
No Brasil, Ninja Kamui está disponível na Max e a série contará com 12 episódios em sua primeira temporada.